Cottonwood Foundation bersama Zoological Society of London, Global Green Grants, Christensen Fund, Working Assets, Marisla Foundation melakukan kerjasama dengan Yayasan Samudera Laksana dan Universitas Riau melalui project Ecological Mangrove Rehabilitation and Livelihoods Program melakukan rehabilitasi tambak terlantar seluas 43 hektar dan pembentukan kelompok petani tambak pada tahun 2005 hingga 2007.
Pada tahun 2004, Cottonwood Foundation juga mendukung kegiatan project Ecological Mangrove Rehabilitation di desa Tiwoho Sumatera Utara bersama Seacology Foundation dan Goldman Foundation.